Todas as usinas precisam de licença do órgão ambiental competente (Ibama ou Secretarias Estaduais de Meio Ambiente) para serem implementadas. Basicamente, isso ocorre em três fases:

1ª - Licença Prévia

O órgão ambiental analisa os estudos (de fauna, da flora, arqueológico, de qualidade da água, socioeconômico etc) que resultaram na edição do EIA e do RIMA: se o empreendimento for viável, ele emite a “Licença Prévia” (LP).
No caso das usinas hidrelétricas, é necessária a LP para que a concessão seja leiloada pela Aneel.

2ª - Licença de Instalação

Após emitir a LP, o órgão ambiental faz algumas exigências ao empreendedor antes de conceder a segunda licença, ou Licença de Instalação (LI).
Geralmente, é solicitado detalhamento dos programas ambientais apresentados no EIA-RIMA, que serão implantados na fase de instalação do empreendimento. Esses programas passam a compor o chamado Projeto Básico Ambiental (PBA), e são destinados à prevenção, correção ou compensação dos impactos ambientais descritos no EIA. Se os documentos apresentados pelo empreendedor estiverem de acordo com as recomendações e exigências e forem aprovados pelo órgão ambiental, é concedida a Licença de Instalação.

3ª - Licença de Operação

Quando o empreendimento está pronto e os programas ambientais implantados e aprovados pelo órgão ambiental, é concedida a Licença de Operação (LO).

O quadro abaixo ilustra as fases de licenciamento e os estudos exigidos para construção de empreendimentos hidrelétricos. Os prazos descritos são estabelecidos pela Agência Nacional de Energia Elétrica (Aneel) e devem ser cumpridos pelo empreendedor.